年10月26日，日军攻占金门，揭开了侵略福建的序幕。福州、厦门等沿海城市，随时都有遭侵袭占领的危险。国民党福建省政府下令，要求沿海公、私立中等以上学校，迁移到内地山区的安全地带。
爱国华侨陈嘉庚与厦门大学校长萨本栋10月，陈嘉庚创办的集美学校，率先内迁到安溪县文庙办学。12月24日，厦门大学多名师生，肩扛书籍、行李，在校长萨本栋带领下，开始了近20天余公里的长途跋涉，于年1月12日到达长汀县，安顿下来办学。
日军占领厦门后，大厦大操场军训4月，日寇由金门出发，从海路进攻，厦门随之沦陷。厦大和集美学村的校舍，虽在战火中受到一定毁损，但师生和重要教学设备因内迁得以保存。
此时，国民党福建省政府决定内迁永安县。福州的高等中等学校，也随之大规模迁往内地山区。
福建师范学校因永安县城狭小，只有省立福建师范学校迁至永安大湖。南平是后方军事枢纽，省府将位于南平与永安之间的沙县，设为后方文化中心，将省立医学院、省立第一中学及省立科学馆、省立图书馆等迁至沙县。省立高级工业职业学校原拟迁长汀，后因实习的机器笨重运输困难，除土木科迁长汀，其他各科均留在南平。女子家事职业学校因女生关系，也迁至南平郊区。
学生在简陋的图书馆学习各私立院校，则以自觅校址为原则。私立协和大学因在邵武原有校舍，遂迁至邵武；私立华南女子文理学院，因南平教会学校的校址可供利用，遂迁至南平。私立福建学院及其中学部，迁往闽清县郊区。其他私立中等学校，英华中学迁顺昌县洋口，格致中学先迁永泰、再迁邵武；三山中学迁闽清。
女生因陋就简表演拖把舞抗战期间，东南半壁多遭沦陷，只有福建内地山区较为安定。苏、皖、浙、赣等省的一些高等院校，也迁移至此，如“苏皖联立技艺专科学校”迁于崇安，暨南大学迁于建阳。此外，福建还在闽北设立两个收容总站、七个分站，共登记、收容全国各地流落的学生0余人，编入各大中专学校重新登记入学。
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